Allgemein ist es ratsam, mehrere der angeführten Quellen zu vergleichen, und bei feststellbaren Diskrepanzen (die es leider oft gibt) weiter zu recherchieren.
Falls keine schlüssige Klärung erfolgen kann, und man sich beim Anlegen eines Fossils im Lexikon eben für den am aktuellsten erscheinenden Taxonomiebaum entscheidet, dies bitte ruhig im Lexikon bei dem jeweiligen Fossil anmerken.
um die Zuordnung zu einem Taxonomiebaum für andere Fossilienseiten-Bearbeiter nachvollziehbarer zu machen, habe ich mir auch angewöhnt, unter "Referenzen" die Links zu den konsultierten websites anzuführen.
Meist kommt man mit "fossilworks" gut zurecht, allerdings scheint auch diese Datenbank nicht bei allen Fossilien auf dem aktuellsten Stand zu sein. Und vor allem gibt sie auf der jeweiligen Namensseite den Status (valid/akzeptiert, Synonym, veraltet etc.) nicht an - man muss also immer einige Schritte "rauf + runter", um sich darüber ein Bild machen zu können.
Für marine Lebewesen ist WoRMS sehr zu empfehlen - da wird der Status mit angezeigt.
Und wenn man mal ein gewisses Gefühl dafür entwickelt hat, was bei der Taxonomie schlüssig/halbwegs aktuell sein könnte, und was suspekt ist, ist last not least auch die vielgeschmähte wikipedia oft ganz hilfreich - gerade bei der Paläontologie (und allgemein bei geologischen Themen) hat sich die mittlerweile sehr verbessert.