Hallo,
zunächst handelt es sich bei dem Stein um ein Flußgeröll, durch den Transport im Wasser rundgeschliffen. Die Löcher dürften ziemlich sicher dadurch entstanden sein daß sich dort früher Einschlüsse eines weniger beständigen Materials befanden das ganz oder teilweise weggelöst wurde.
Wie bereits von Oliver vermutet könnte es sich bei dem Stein um etwas "silikatisches" handeln, in den Löchern könnte sich z.B. Calcit befunden haben. Ohne eine frische Bruchfläche und nur nach Fotos wird eine genauere Bestimmung aber schwierig.
Gruß und Glück auf!
Uwe