Hallo,
also als kleine "Anleitung" zum Einstieg, ich gehe eigentlich immer so vor:
1.) Kamera-Einstellungen: Iso so weit runter wie möglich. Focus, Blende, Belichtungszeit manuell. Am besten mit Selbstauslöser fotografieren, damit nichts verwackelt. Höchste Auflösung und niedrigste Komprimierung einstellen. Blitz aus.
Das gilt nun alles für die Kamera, mit der ich fotografiere und bei der man das alles manuell einstellen kann. Bei den meisten Kompaktkameras wird man zumindest den Iso-Wert und den Weissabgleich einstellen können, bei nicht vorhandenem manuellen Focus wählt man den Makromodus und muss probieren... zu D-SLRs kann ich nichts sagen.
Wenn möglich sollte man auch die Belichtungsanzeige einschalten.
2.) Auswahl des Unter- bzw. Hintergrunds: als Untergrund eine stabile, ebene Platte, auf der man die Stufe gut positionieren kann. Sollte farblich zum Gesamtbild passen. Da gibts viel zu experimentieren, ich nehme meistens ein weisses Blatt Papier. Möglich ist aber z.b. auch mal eine gleichmäßig dunkle Schieferplatte, oder so.
Für den Hintergrund: Papier einfach hochbiegen (nicht knicken!!), oder dunklen Stoff im Hintergrund aufhängen, oder einfach von oben drauf fotografieren. Hier mal die drei Beispiele anhand von Bildern:

Welche Beleuchtung bei der Mineralienfotografie?

Welche Beleuchtung bei der Mineralienfotografie?

Welche Beleuchtung bei der Mineralienfotografie?
3.) Stufe positionieren, Kamera positionieren, passenden Bildausschnitt wählen.
Das kann schon etwas Zeit dauern. Man sollte vorher genau überlegen, was man auf seinem Foto haben will und was nicht. Wenn man beispielsweise einen einzelnen Kristall freistellen will und der ist auf dem Bild später schief oder in einem ungünstigen Winkel fotografiert oder von irgendwas verdeckt, dann kann es an der Stelle schon scheitern. Bei flachen Stufen wird man etwas unterlegen müssen, um sie im passenden Winkel ausrichten zu können. Wenns geht sollte man Sockel und Kitt aus dem Bild fernhalten. Das sieht einfach nicht gut aus.
4.) Licht: Man fotografiert am besten im voll abgedunkelten Raum, alles aus bis auf die Lichtquelle, mit der man fotografiert. Das heisst Rolladen runter und alles aus.
Vorallem Fernseher und andere Monitore. Nichts nervt mehr, als nach 30 Minuten Arbeit ein Bild von einem Kristall vor sich zu haben, auf dessen Fläche sich gerade das Fernsehprogramm spiegelt...
Als Lichtquelle verwende ich eine 7W-Energiesparlampe von Ikea. Nicht wirklich durchdacht, aber funktioniert. Ich denke mal, für den Hobbyfotograf tuns die meisten 0815-Lampen.
Die Lampe so positionieren, dass man keine unerwünschten Schatten auf irgend einer Seite des Bildes hat. Am besten senkrecht von oben und etwas frontal auf die Stufe leuchten.
Wichtig ist ein Diffusor zwischen Stufe und Lichtquelle, sonst hat man unschöne, harte Lichtreflexe. Außerdem kann man damit auch eher dunkle, hochglänzende Mineralien fotografieren, bei denen man sonst nur einen schwarzen Fleck rausbekommen würde. Z.b. bei diesem Hämatit:

Welche Beleuchtung bei der Mineralienfotografie?
Verwendeter Diffusor: weisses Blatt Papier, kuppelförmig über die Stufe gebogen. Als Hintergrund Variante 1 von Punkt 2.
An dieser Stelle sollte man auch den Weissabgleich machen. Für Hobbyzwecke genügt es, auf das Blatt Papier zu zielen.
Danach gilt es, schon mal in etwa Blende und Belichtungszeit einzustellen. Bei der Blende sollte man sich die förderliche Blende seiner Kamera suchen, wurde schon mal im Forum diskutiert. Die Belichtungszeit stellt man vorerst neutral ein, weder unter- noch überbelichtet. Den Focus sollte man hier ebenfalls schon mal annähernd scharf stellen, damit man auch sieht, was man fotografiert.
5.) Beleuchtung/Belichtung: Man sollte sich überlegen, ob und welche Kristallflächen man hervorheben will, damit die Kristallform ansich später gut erkennbar ist.
Schlechtes Beispiel:

Welche Beleuchtung bei der Mineralienfotografie?
Auf diesem Bild sollte man eigentlich erkennen, dass es sich um Fluorit-WÜRFEL handelt, mehr oder weniger sieht man aber nur alles gelb

Besseres Beispiel:

Welche Beleuchtung bei der Mineralienfotografie?
Kristallflächen und Strukturen sind dank richtiger Beleuchtung gut zu erkennen.
Um einzelne Kristallflächen anzustrahlen oder Bildbereiche aufzuhellen, sollte man Reflektoren verwenden. Man kann da viel ausprobieren, die einfachsten Varianten wären ein Stück Alufolie (matte Rückseite!!) oder ein gefaltetes Blatt Papier, welches meistens auch schon ausreichend reflektiert. Das ganze dann so positionieren, dass es nicht ins Bild ragt, bis man die gewünschte Fläche im Display der Kamera aufleuchten sieht. Es kann sehr lange dauern, bis man ein gewünschtes Ergebnis raus hat, bei manchen Stufen klappts auch scheinbar erst gar nicht.. und klare Quarze sind dabei die Hölle!
Wenn man das geschafft hat, kann man die Belichtungszeit entgültig einstellen. Am besten ein klein wenig (!) unterbelichtet fotografieren, damit man dies später in der Bildbearbeitung ausgleichen kann. Überbelichtete Bereiche sind am Ende einfach weisse Flecken, aus denen man nichts mehr rausholen kann, bei wenig unterbelichteten Bereichen kann man meistens noch was rausholen.
6.) Focus einstellen: Wenn man alles so weit hat, stellt man den Focus entgültig wie gewünscht ein und macht das Foto.
Bereits für Stufen um 10cm oder kleiner empfiehlt sich aber bereits die Mehrebenen-Fotografie. Dazu macht man eine Focusreihe, die im Vordergrund des abzubildenden Bereichs anfängt. Man verschiebt dann den Focuspunkt immer weiter nach hinten und macht in gleichen Abständen weitere Aufnahmen, Belichtung, Bildausschnitt usw. werden dabei NICHT verändert!
Am Ende können diese Fotos mit einem geeigneten Programm (CombineZ, Helicon Focus o.ä.) zu einem scharfen Gesamtbild überlagert werden. Mehr dazu auch hier:
http://www.mineralienatlas.de/lexikon/index.php/Digitale%20Mehrebenen-Fotografie?redirectfrom=Digitale+MehrebenenfotografieDas Ganze mag am Anfang schwierig erscheinen, aber wenn man erst einmal ein Setup raus hat, welches man für 90% der Fälle anwenden kann, läuft der Rest fast automatisch.
Gruß Daniel