Uwe, das wirkt sich eigentlich nur bei größeren Fokusveränderungen aus, ist also fast immer vernachlässigbar (d.h., ich hätte mir den Zusatz eigentlich sparen können

). Normalerweise hat man es nur mit einer Veränderung des Abbildungsmassstabes zu tun. Im Prinzip kann heutzutage fast jede einigermaßen ausgereifte Stacking-Software (so auch CombineZ) damit umgehen. Im Mikrobereich kann man auch mit orthografischer Projektion arbeiten, d.h. man pfeift auf das reskalieren der Einzelbilder (ist bei sehr tiefen Stacks aber nicht ratsam). Bei Verwendung von Weitwinkelobjektiven kann dann auch noch die Verzeichnung je nach Fokusdistanz eine andere sein kann. Ich habe mir ein Nikon 20/3.5 durch einen sehr dünnen K1-Zwischenring in ein Makro umgewandelt und speziell bei diesem Objektiv sind die Randverzeichnungen sehr stark. Allerdings ist durch die sehr kurze Brennweite die Schärfentiefe so groß, dass man auf das Stacken meist verzichten kann.
Ich arbeite mit ZereneStacker. Habe auch Helicon Focus auf meinem PC aus der Zeit bevor es ZS gab. Zerene ist wesentlich langsamer als HF, aber dafür ist das alignment um einiges genauer und Geschwindigkeitseinbuße ist eben der Preis den man dafür zahlt.
lg