Jetzt kann ich es mir einfach machen und sagen "wechselnde eh- PH Bedingugen aufgrund des örtlichen Chemismus"
Damit lass ich Dich nicht durch

Ein Mineral kann in aller Regel nur dann frei auskristallisieren, oder etwas allgemeiner formuliert : sich bilden, wenn ein freier Raum vorliegt. Das kann eine Schmelze sein, das kann eine weiche, leicht verdrängbare Masse sein (z.B. Pyrit in Mergel oder Tonschiefer), oder das kann wie im Falle der Achatbildung und vieler anderer Mineralien ein Gashohlraum sein.
ES FEHLT DIE TREIBENDE KRAFT ZUR ÜBERSÄTTIGUNG!

Allein schon beim Übertritt der Kieselsäure - Lösung vom Gestein in den Hohlraum kommt es vermutlich zu einer Druckabfall in der Lösung und - voila - die Kieselsäure beginnt aus der Lösung - vorerst in Form eines Geles - auszufallen.
Nein, Aufgrund der Hydrostatik. Wie soll ein Hohlkörper im Gleichgewicht mit der Umgebung - hast Du durch die Sickerfähigkeit gefordert - einen neidrigen Druck haben? Ein "kleiner grüner Massevernichter" ( (c) by meinem Pyhsiklehrer) ist nicht der Grund. Es wird so lange Wasser einsickern, bis der Druck gleich ist. Solange darf was ausfällen. Dann fliesst aber die Sole so durch... bzw. löst das kolloidale SiO2 wegen der grossen Oberfläche bevorzugt raus!
Um bei deinem Kalk-Beispiel zu bleiben:
Kalksinter entsteht erst, wenn das CO2-HCO3-Gleichgewicht des Wassers durch Luft gestört wird.
Du hast keine Luft. Luft diffundiert leichter als Wasser !!! Aber warum gibt es Gasblasen in Kristallen?
Du hast mein Wachstumsmodell zerstört

Aber deins hat auch Lücken - meiner Meinung nach!
MfG
Frank
("Die Natur schafft Sachen, an die wir gar nicht erst denken sollten" - Ein Kristallzüchter über Granate)