Hallo Bruno,
mir scheint es bei den Bildern mehrere Probleme zu geben. Um das etwas einzugrenzen, würde ich folgende Dinge probieren:
1) Gibt es Unschärfe aufgrund von Vibrationen? Hier würde ich mir u. a. Einzelbilder in Bilderserien anschauen und zwar am besten anhand von einfacheren Testobjekten, die nicht so schwierig zu fotografieren sind wie Mineralien. Z. B. matte Objekte wie Mohnsamen oder Schmetterlingsflügel oder mm-Papier auf einer leicht schrägen Unterlage oder was auch immer.
2) Die Spitzlichter machen viele Probleme, bei den Mineralien sollte man mit diffuserem Licht arbeiten, z. B. Pergamentpapier oder Schreibpapier vor die Lampe oder vor das Objekt machen. Die Überstrahlungen sind bei etlichen Deiner Fotos definitiv ein Problem.
3) Das Stereomikroskop-Objektiv hat vermutlich eine recht geringe numerische Apertur. Vielleicht sind z. T. schon unnötig viele Schritte im Stack, dadurch können sich Bildfehler aufsummieren. Hier kann es helfen, die Zahl der Schritte zu variieren oder z. B. nur die scharfen Frames für den Stack zu verwenden.
4) Generell kann man sich vor schwächeren hin zu stärkeren Vergrößerungen vorarbeiten, statt direkt mit relativ hohen Vergrößerungen zu arbeiten. So kann man u. U. die Probleme leichter eingrenzen.
Viele Grüße und viel Erfolg
- Björn