Hallo Eberhard,
ich habe einen ähnlichen Aufbau wie Du. Zeiss Stemi 2000-C mit 1.6 Tubus und eine Canon 50D.
Hier ein sehr interessanter Artikel (Danke an Josef)
http://www.krebsmicro.com/Canon_EFSC/Generell beschleicht mich der Eindruck, dass die Canon Kamera für den Betrieb am Mikroskop nur sehr bedingt geeignet ist. Ein richtig "scharfes" Bild gelingt mir weder am Stemi 2000-C noch mit Balgen am Mitutoyo 20x oder anderen Objektivkombinationen.
Ich habe für das Zeiss Stemi noch das 2x Objektiv, hierdurch wird die Auflösung deutlich besser, was die "unschärfe" der Kamera nicht kompensiert. Extrem wichtig für die Schärfe ist auch das Licht. Manchmal ist defuses Licht besser mal kontrastreiches Licht von der Seite.
So oder so, ich werde den Eindruck nicht los, dass zumindest meine Canon D50 Kamera nicht das optimale Gerät ist.
Kleiner Hinweis noch, jede und auch nur die geringste Vibration ist Gift für Bilder. Zwischen den Stackaufnahmen unbedingt Zeit für das Ausschwingen lassen. Du kannst das am Bildschrim gut in der vergrößerten Vorschau sehen.
Mal kurz ein Wort zur numerischen Apertur vom Zeiss Stemi, hier mit 2x Objektiv. Die NA-Werte der Vorsatzlinse vom Stemi kenne ich nicht, wenn ich ihn aber berechne komme ich auf 0,587, ein wie ich meine sehr guter Wert. Arbeitsabstand 31mm, Linsendurchmesser 45mm. Daraus erechnet sich ein halber Öffnungswinkel von 35,97° Hieraus der Sinus ist die numerische Apertur, ich denke das Mitutoyo kommt da nicht ran

Ich kenne mich mit Optik wenig aus und denke da werden andere Faktoren (wie z.B. Betrachtungswinkel) auch eine bedeutende Rolle spielen.
Viele Grüße
Stefan